城乡二元体制的长期存在，使得农村污水治理明显滞后。城镇化和工业化的发展让农村水污染进入了高发期，农村人口饮水安全问题不得不引起重视。水污染更是直接导致农民居民健康、农产品的安全遭受威胁。农村水污染治理已经到了刻不容缓的地步。
当前我国正处于工业化、城镇化快速推进期，也是水污染危机的高发期，农村水污染状况更是令人堪忧。据统计，我国约有1亿农村人口存在饮水安全问题，农村饮水安全集中供水率是73%，还有23%是农村靠山塘水窖吃水，饮水标准低。
与此同时，农村水污染问题日益突出。长期的城乡二元体制，导致污水治理设施建设形成重城市、轻农村的格局。目前，我国不少地方农村供水设施投入不足，基础设施建设滞后，大部分生活污水未经处理直接排放，导致农村河流水质急剧下降，直接威胁农村居民的饮用水安全。据测算，全国农村每年产生生活污水约90亿吨，且绝大多数未得到治理；我国化肥和农药施用量分别达4700万吨和130万吨，利用率仅为30%左右，施用强度高，流失量大，使耕地和地下水受到大面积污染。
农村水污染带来了多方面的危害，不仅直接危害农村居民的身体健康，而且威胁到农产品的安全。此外，水污染还会破坏生态平衡，导致渔业减产，从而造成更大的经济损失。
建设美丽乡村，必须加强农村污水处理，推进农村饮水安全建设。但是，农村饮用水安全是一项艰巨而复杂的系统工程，点多面广，且各地千差万别。针对目前农村污水治理工作存在的突出问题，有关专家提出应采取以下对策建议：
一是加强组织领导，形成合力。建设形成县、乡镇、村党政齐抓共管，有关部门分工负责，社会力量积极参与的工作体制和工作格局，形成农村污水治理的强大合力。
二是推进城乡供水一体化。要因地制宜，采用不同的供水方式，优先考虑城镇供水管网向农村延伸，推进农村供水城市化，城乡供水一体化，让农村居民享受均等的公共服务。
三是统一规划，配套管网延伸到农户。农村居民居住得相对分散，农户家庭的排水点也不统一，并且，污水水量受村民卫生设施水平、用水习惯和季节变化等影响较大。要根据这些实际情况，结合新农村建设，因地制宜、统一规划、建立农村污水处理系统，配套管网延伸到农户。生活污水集中处理，处理后可根据不同水质标准回收利用。
四是落实资金保障。建立政府引导、地方为主、市场运作、社会参与的多元化筹资机制，有效整合地方财政资金，落实地方公共财政投入，用足用好国家政策。拓宽投融资渠道，创造良好投资环境，促进饮用水、污水处理等具备一定收益能力的项目形成市场化融资机制，充分发挥市场融资的作用。积极吸收国家政策性银行、农商银行和社会资金参与到农村污水治理工程建设中来。
五是加强科技支撑，提高净化设施的技术处理水平。研究推广处理量大、除污率高、运行消耗低、回收率大的净化设施。推广应用新技术、新材料、新工艺，提高农村污水治理的技术含量。
六是强化行政首长负责制。农村饮用水安全已越来越引起不少地方政府的重视，加强河湖管理，是推进工业化、城镇化、农业现代化和保障经济社会持续发展的必然要求。加强农村水生态管理离不开完善的体制机制支撑，在农村污水治理方面，也应该积极推广河长制，由各级党政主要负责人担任河长，负责辖区内河流的污染治理，通过各级行政力量的协调、调度，保证河清水洁、岸绿鱼游的良好生态环境。
七是从严检测、控制河流湖泊的纳污容量。要强化水污染防治，制定实施清洁水行动计划，在确保农村饮用水水源地的水体稳定达标、水质不退化的同时，集中力量治理影响群众多、公众关注度高的黑臭水体，带动一般水体污染防治，推进重点领域和地下水污染防治。保证农村居民喝上干净安全的水是农村民生工程的重点，政府部门的监管还有空白地带，因此，要加大监管力度，健全农村水环境管理监测网，严格执法、依法治水、以法管水。
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