根据《重点流域水污染防治规划(2011~2015年)》，“十二五”水污染防治重点流域包括松花江、淮河、海河、辽河、黄河中上游、太湖、巢湖、滇池、三峡库区及其上游、丹江口库区及其上游等10个流域，共涉及23个省(自治区、直辖市)，254个市(州、盟)，1578个县(市、区、旗)。其中，太湖流域水污染防治规划纳入《太湖水环境综合治理总体方案》；丹江口库区及其上游流域水污染防治规划纳入《丹江口库区及其上游水污染防治和水土保持规划(2011~2015年)》。
重点流域共划分37个控制区、315个控制单元，落实规划主要任务。其中，根据各控制单元水污染状况、水环境改善需求和水环境风险水平，确定118个优先控制单元，分水质维护型、水质改善型和风险防范型3种类型制订水污染防治综合治理方案，实施分类指导。
规划区域主要排污工业行业为造纸及纸制品业、农副食品加工业、饮料制造业、化学原料及化学制品制造业、纺织业、煤炭开采和洗选业、医药制造业等7个行业，化学需氧量排放量占规划区域工业化学需氧量排放总量的78%。
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